В мультфильме «Скуби-Ду! и нашествие инопланетян» Шэгги, СКуби и их верные друзья – Дафна, Фред и Велма – отправляются в новое увлекательное путешествие на автомобиле. Друзья рады возможности отдохнуть от работы. Но мы отлично знаем, что ни одно путешествие Скуби и его товарищей не обходится без расследования какого-нибудь таинственного дела.
Прямо посреди каменистой безлюдной пустыне над автомобилем ребят зависает какой-то странный предмет, подозрительно напоминающий НЛО. От неожиданности водитель теряет управление и машина врезается в большой кактус.
Оказывается, что авария случилась как раз рядом с научным центром, который отслеживает сигналы из космоса. Ребята, как члены корпорации «Тайна», не могут пройти мимо такого интересного и загадочного места. Позже они выясняют, что среди местных жителей уже давно ходят легенда об НЛО и инопланетянах. Поэтому здесь и построили научный центр.
Главные герои мультика «Скуби-Ду! и нашествие инопланетян» узнают о том, что в этих местах несколько людей пропало бесследно. Разумеется, местные жители решили, что это дело рук пришельцев. Друзья не могут оставить все это без внимания и принимаются за расследование. К чему же оно их приведет? Может быть, инопланетяне действительно существуют?