Прошло уже очень много лет с тех пор, как Венди познакомилась с Питером Пеном в Нетландии. Теперь у неё уже свои дети: 12-летняя Джейн и 5-летни Дэнни. Каждый вечер Венди рассказывает им сказки о Питере Пене. Правда, Джейн уже перестала в них верить.
В стране начинается война, Эдварда – отца детей Венди – забирают. А через несколько дней к Венди и вовсе приходят с извещением о том, что на время войны она и дети должны покинуть город и перебраться в провинцию. Джейн категорически не хочет подчиняться приказу, ведь отец перед отъездом велел ей заботиться о маме и братике. Венди пытается доказать ребёнку, что на свете есть вера в чудо, и иногда нужно следовать за течением жизни. В итоге у них происходит ссора, и Джейн в слезах засыпает у себя в комнате. А просыпается от того, что пираты, перепутав её с Венди, забирают её в Нетладию.
В Нетландии главарь пиратов Крюк разрабатывает хитроумный план захвата Питера Пена с помощью Венди. Но, во-первых, в руках у пиратов её дочь, а не она сама, а во-вторых, Питер спасает девочку и срывает всю операцию. После этого герой узнаёт правду о девочке, показывает ей Нетландию, но очень хочет вернуть домой.
Джейн пытается уплыть с острова на плоту, но он разваливается, и на помощь ей опять приходит Питер. Он говорит, что покинуть остров можно только улетев с него. Питер пытается научить Джейн летать, но безрезультатно. Капитан Крюк узнаёт об их планах и разрабатывает новый план по захвату.
Позже Питер и мальчишки находят у Джейн блокнот и начинают играть с ним. Но по ошибке блокнот съедает один из мальчиков. Джейн очень расстроена этим событием и в сердцах говорит, что не верит в фей. После такого заявления заболевает фея Динь-Динь, которая до этого очень ревновала Питера к Джейн. Она говорит, что девочка непременно должна обрести веру в фей, иначе Динь-Динь умрёт. Тогда Питер и мальчишки решают сделать обидевшуюся Джейн пропащей девчонкой, чтобы найти её и научить верить в фей.
В это время на пути Джейн встречается Крюк, который предлагает ей хорошую сделку. Девочка должна помочь ему найти его сокровища, а за это Крюк доставит её домой. Когда она найдёт богатство, то должна дунуть в свисток. Джейн соглашается, но с тем условием, что Крюк не причинит Питеру Пену зла. Следка заключена, Джейн отправляется на поиски Питера. Тем временем огонёк феи Динь-Динь постепенно угасает, и она умирает.
Мальчишки и Питер ищут Джейн, но она приходит сама и даже соглашается стать пропащей девчонкой. И вот, стоя у грота с сокровищами, она уже почти готова дунуть в свисток, но вдруг понимает, что дружба важнее, и свисток летит в воду. Питер с мальчишками делают её пропащей девчонкой, но, увы, самый маленький из них находит свисток и дует в него.
Пираты появляются тот час же, хватают всех, кроме Джейн, и рассказывают Питеру о сделке. Он обвиняет девочку в предательстве и смерти феи. И тогда Джейн, поняв, что она натворила, решает спасти всех. Прибежав в тайное убежище, Джейн понимает, что слишком поздно – Динь-Динь умерла. Джейн очень оплакивает смерть феи, и та чудом оживает. Вместе они бросаются спасать Питера и мальчишек, и как раз вовремя. Освободив мальчишек, Джейн бросается к Питеру, но Крюк загоняет её на мачту и приказывает сдаваться. Джейн говорит ему, что победить её не так просто, ведь у неё есть вера, надежда и волшебная пыльца. Динь-Динь опыляет девочку пыльцой, Джейн взлетает и освобождает Питера.
Пираты сбегают с корабля, спасаясь от гигантского осьминога, который в последнее время всё время следовал за кораблём Крюка. Конечно же, Питер и Динь-Динь помогают Джейн попасть домой. Питер наконец-то встречает Венди и очень радуется этому событию. После всего Питер и фея возвращаются в Нетландию, Эдвард возвращается с войны, а Джейн навсегда хранит веру в Питера Пена.
