Длительное время собачьи упряжки пользовались особой популярностью как вид транспорта. Но теперь собаки могут остаться без работы, так как теперь появилась конкуренция – самолёт. Было принято решение провести соревнование между упряжкой псов и опытным лётчиком Дюком. Правда, Балто, увидев самолёт, пришёл от него в восторг и очень захотел полетать.
Верный друг Балто, гусь по имени Борис, влюбляется в гусыню Стеллу. Но его стеснение не даёт ему сил признаться, что летать он не может из-за боязни высоты. По несчастливой случайности Борис попадает в самолёт в мешке с почтой после того, как Стелла обнаружила его обман. На этом неприятности гуся, боящегося летать, не закончились. Дюк потерялся в тумане и попал в авиакатастрофу.
Псы весьма довольны, ведь они прибыли к финишу первыми и доказали своё превосходство над железной птицей. Но Балто уже понимает, что с Дюком случилась беда. Отважный пёс принимает решение отправиться на поиски пилота, но его сын Коди и другие собаки, выигравшие соревнование, категорически против. Балто очень сердится на сына за его жесткость и эгоизм, но не уговаривает идти. С ним в поход отправляются гусыня Стелла и старые друзья Мак и Лак. Дженна, избранница Балто, знает о решении найти пилота и уговаривает Коди помочь отцу.
Балто находит Дюка в лесу в обломках металла и увозит на санях, так как пилот сломал ногу и не может идти сам. В самый последний момент на подмогу ему приходит Коди с другими собаками, и вместе они довозят Дюка в Ном.
Теперь мечта Балто осуществилась! Поправившись, Дюк сделал пса своим компаньоном, и Балто смог полетать в самолёте, увидеть родные места с высоты птичьего полёта.
У Бориса и Стеллы тоже всё наладилось. Гусь честно признался в своих страхах, и дама сердца простила его.
